Действия происходят через год, после начала Шипудена. Гаара все также стоит на посте Казекаге и обучает Матсури. Темари и Канкуро теперь состоят в одной команде и часто пропадают на заданиях. Иногда к ним присоединяется и Матсури. В Суне в общем все спокойно, никто никого не трогает, никто ни на кого не нападает...
В Конохе также все пока спокойно. Цунаде все также пропадает на посту Хокаге, а Наруто доказывает Сакуре, что он вырос. Нэджи наконец-то нашел общий язык с Хинатой. Команда номер 7, ждет нового, которы будет заменой учихи. Какаши лежит в госпитале, его заменяет Ямато.
В Отто оказывается, что четверка Звука все-таки жива и они все также продолжают помогать Орочимару. Саске также все еще у Орочимару, и пока не собирается уходить.
Организация Акацуки узнает о свитке, который может освобождать демона от тела человека. В их планы входит получить этот самый свиток. Свиток находится в Конохе, и хорошо охраняется, так как Цунаде знает, что это за свиток. Она может быть и давно бы его уничтожила, но это не возможно. Свиток просто так не уничтожить. А если это и получится, то в мир выйдет ужасная сила, которую будет не остановить. Но Акацуки этого пока не знают. Свиток им нужен для продолжения своей миссии - вытаскивания демонов. В Коноху за свитком отправляют Сасори, Дейдару и Тоби.
Также появляются две новые организации: Тори и Хоши. Обе организации, не смотря на общие планы - уничтожить Акацуков, находятся во вражеских отношений. Между ними постоянные стычки. Эти две организации, что хотят уничтожить Акацуков и Орочимару с его сообщниками. В них входят хорошо обученные люди, отступники от Деревень, но с благими намерениями.